Prężny rozwój Hajnówki w okresie międzywojennym przerwała II wojna światowa. Pod wpływem wojennej zawieruchy, po pieczołowicie budowanej w latach 30-tych pozycji krajowego lidera przemysłu drzewnego, pozostały zgliszcza. Zniszczeniu uległy zakłady produkcyjne, część miasta, stacja i tory kolejowe. Dotkliwe straty materialne są jednak niczym przy ludzkiej tragedii – w czasie wojny zginęło wielu mieszkańców. W latach okupacji niemieckiej znaczna część młodzieży hajnowskiej była wywożona do ciężkich robót przymusowych w Niemczech. Wielu hajnowian trafiło do obozów koncentracyjnych w Ravensbruck, Oświęcimiu i Treblince, ponadto hitlerowcy rozstrzelali ponad 170 hajnowian. Tragiczny los spotkał mieszkańców Hajnówki pochodzenia żydowskiego - odtransportowano ich do Treblinki. O exodusie miasta świadczą liczby – podczas gdy w 1929r. Hajnówka liczyła 17 tyś. mieszkańców, to w 1944 – ok. 8 tyś.
Wyzwolenie Hajnówki spod okupacji niemieckiej nastąpiło 18 lipca 1944r. Wówczas do Hajnówki wkroczyły wojska radzieckie 65 Armii pod dowództwem gen. Pawła Batowa. Zacięte walki toczyły się nad rzeką Leśna, koło dzielnic Podlasie i Placówka, w pobliżu cmentarzy oraz w dzielnicy „Czworaki". Zginęło wówczas wielu Polaków (w tym Hajnowian), Niemców, Węgrów i żołnierzy radzieckich. Po wojnie odbudowano zniszczone zakłady, przebudowano większość ulic, postawiono osiem szkół, cztery kościoły różnych wyznań, dom kultury, dwa szpitale, przychodnię rejonową, stację uzdatniania wody, basen a także wprowadzono komunikację miejską. W 1950 r. Hajnówka otrzymała prawa miejskie, a w latach 1954 – 1957 była siedzibą władz powiatowych.
Choć wyzwolenie Polski spod okukacji niemieckiej okazało się mieć swoją cenę, po wielu historycznych perturbacjach, dziś żyjemy w wolnym, demokratycznym kraju – niepodległość to dla nas, kolejnych pokoleń Polaków coś oczywistego. Fakt, że żyjemy w wolnym kraju, mówimy swoim ojczystym językiem, dumnie kibicujemy swoim rodakom (nie tylko podczas zmagań sportowych) a w szkole poznajemy historię Polski traktujemy jako coś naturalnego. Tymczasem okres II wojny światowej czy późniejsza historia Polski przypominają, że wolność jest ideą, którą musimy pielęgnować. Nie wolno nam zapomnieć przez co przeszła Polska i Hajnówka. Ale historia to nie tylko wielkie daty, konteksty historyczne czy polityczne perturbacje – pamiętać musimy przede wszystkim o ludziach. O ludziach, których los został złożony na ołtarzu wojny, byśmy mogli być tu i teraz.
W 74. rocznicę wyzwolenia Hajnówki przedstawiciele powiatu – Wicestarosta Jadwiga Dąbrowska, Naczelnik Wydziału Spraw Społecznych i Ochrony Środowiska Starostwa Ewa Cieślik wraz z Przewodniczącym Związku Kombatantów RP i byłych Więźniów Politycznych, Koła Miejsko- Gminnego w Hajnówce, panem Bazylem Laszkiewiczem złożyli kwiaty i oddali hołd poległym w walce o wyzwolenie miasta. 92-letni Pan Bazyl we wspomnieniach wrócił do trudów wojennej zawieruchy, przypomniał emocje, które towarzyszyły Hajnowianom w tym trudnym dla miasteczka i ojczyzny czasie. Uroczystości takie jak ta przypominają również, jak dużą skarbnicą wiedzy jest starsze pokolenie: świadectwo ich życia to dobra lekcja historii oraz zbiór wskazówek dla potomnych. Kwiaty upamiętniające 74 rocznicę wyzwolenia Hajnówki zostały złożone pod pomnikiem na Cmentarzu Żołnierzy Armii Radzieckiej oraz przy pomniku w skwerze plut. Bolesława Bierwiaczonka.
Katarzyna Miszczuk